O Ministério Público Federal (MPF) instaurou inquérito civil público para acompanhar as medidas de prevenção e controle da qualidade dos recursos hídricos decorrentes das atividades de suinocultura e avicultura nos municípios de Água Doce, Brunópolis, Campos Novos, Capinzal, Catanduvas, Erval Velho, Herval D'oeste, Ibiam, Ibicaré, Joaçaba, Lacerdópolis, Luzerna, Ouro, Pinheiro Preto, Tangará, Treze Tílias, Vargem, Vargem Bonita e Zortéa, que compõem a subseção judiciária de Joaçaba. Entre as primeiras medidas tomadas, o MPF solicitou aos principais frigoríficos da região para que enviem no prazo de 30 dias, uma lista contendo os criadores e fornecedores de aves e suínos, inclusive na modalidade de parceria. As empresas deverão informar quais os empreendimentos possuem licenciamento ambiental de operação, conforme resolução do Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA).

Segundo o procurador da República em Joaçaba, Daniel Ricken, foi constatado através de pareceres e estudos acadêmicos, que as atividades agrícolas desenvolvidas na região apresentam elevados índices de substâncias poluentes, em especial pelas rações utilizadas na alimentação de aves e suínos. Conforme pareceres da Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (EPAGRI), verificou-se que o lançamento de dejetos animais resultantes da suinocultura promove alterações significativas nas características do solo, especialmente com alteração nos níveis de metais tais como fósforo, cobre e zinco. Outro estudo elaborado por uma acadêmica da Universidade do Oeste de Santa Catarina (UNOESC) indica que as atividades de avicultura e suinocultura desenvolvida na região apresentam elevado potencial de poluição. Contudo, Ricken ressalta que há uma ausência de políticas ambientais específicas para minimizar o problema, o que contribui também para a degradação da qualidade da água na Bacia Hidrográfica do Rio do Peixe, que desagua no Rio Uruguai. De acordo com a lei os empreendimentos que desenvolvem atividades com potencial de contaminação do solo e águas subterrâneas devem adotar medidas compensatórias a fim de manter toleráveis os níveis de degradação ambiental inerentes da atividade.